Entre 1961 y 1964, el equipo no tuvo buenas campañas, en las cuales no subió del 9no puesto.
En 1965, el equipo se potencia con las contrataciones de Orlando ‘Chocolito’ Ramirez, Raúl Angulo y Carlos Rubén Villagarcía, volviendo a retomar el protagonismo de la década anterior.
En 1966, con la llegada del nuevo entrenador, Alfredo ‘Conejo’ Scopelli, el equipo gana en poderío estratégico, y a la vez se consolida una de las mejores defensas de la historia del equipo, con: Victor Castañeda, Raúl Angulo, Ismael Ahumada y Gustavo Cortés.
En 1967, Palestino ocupó la duodécima plaza, y desde este campeonato sufrió ciertos cambios en el equipo que le harían perder competitividad. Aunque los hermanos Castañeda estaban comenzando a aparecer en las formaciones del equipo, en el año 1968 se retiró el gran crack Roberto Coll, dejando un tremendo vacío en ese puesto.
Las regulares actuaciones que vinieron luego (7mo puesto en 1968 y 11mo puesto en 1969), se ‘conoraron’ con un triste descendo a la segunda división en el año 1970.